Mikroskopické pracoviště Ústavu experimentální botaniky poskytuje špičkové přístrojové vybavení a odborné znalosti pro náročné úkoly v oblasti neinvazivní in vivo pokročilé fluorescenční mikroskopie ve vysokém časoprostorovém rozlišení. Zařízení slouží řadě projektů realizovaných v laboratořích ÚEB, včetně studií membránového transportu, dynamiky cytoskeletu, hormonálních regulací, zapojení membránových lipidů v signálních drahách, rozmnožování rostlin, reakce rostlin na napadení patogeny a dynamiky biosyntézy buněčné stěny. Navíc nabízí mikroskopické služby pro externí uživatele z České republiky i ze zahraničí jako součást infrastruktury Czech-BioImaging a Euro-BioImaging.